Управление Россельхознадзора по Хабаровскому краю, Еврейской автономной и Магаданской областям является территориальным органом Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору (Россельхознадзор), стоит на защите интересов государства, населения и каждого гражданина страны, выполняет функции по контролю и надзору в сфере ветеринарии, карантина и защиты растений, обеспечения плодородия почв, семеноводства сельскохозяйственных растений, селекционных достижений, обеспечения качества и безопасности зерна, крупы, комбикормов и компонентов для их производства, а также побочных продуктов переработки зерна, функции по защите населения от болезней, общих для человека и животных.
Управление контролирует ввоз на территорию РФ животноводческой продукции, сырья, кормов, животных, птиц и водных биоресурсов, а также вывоз данной продукции из Российской Федерации.
Управление осуществляет контрольную деятельность за соблюдением выполнения мероприятий по сохранению и воспроизводству плодородия земель сельскохозяйственного назначения, включая мелиорированные земли, контроль выполнения требований по предотвращению самовольного снятия, перемещения и уничтожения плодородного слоя почвы, а также прочих земель в результате нарушения правил обращения с пестицидами, агрохимикатами или иными опасными для здоровья людей и окружающей среды веществами, отходами производства и потребления.
Важным направлением деятельности Управления в сфере внутреннего ветеринарного надзора является осуществление контроля за выполнением мероприятий по предупреждению заноса и распространения карантинных и особо опасных болезней животных, контроля в сфере ветеринарии на железнодорожном и автомобильном транспорте при перевозках поднадзорных грузов в пределах России и СНГ, в том числе при ввозе на территорию РФ и использовании импортного поголовья сельскохозяйственных животных.
Управление выполняет функции по лицензированию фармацевтической деятельности в сфере обращения лекарственных средств, предназначенных для животных.